Quy trình thủ tục hải quan mới nhất năm 2026

1. Quy trình thủ tục hải quan cơ bản

Quy trình thủ tục hải quan hiện nay được thực hiện chủ yếu thông qua hệ thống hải quan điện tử VNACCS/VCIS, giúp rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ, tăng tính minh bạch và nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước đối với hoạt động xuất nhập khẩu. Toàn bộ quá trình thông quan một lô hàng thường được chia thành ba giai đoạn cơ bản, bao gồm: chuẩn bị hồ sơ hải quan, khai báo và kiểm tra hải quan, hoàn thành nghĩa vụ tài chính và thông quan hàng hóa.

1.1. Chuẩn bị hồ sơ hải quan

Đây là bước đầu tiên và có ý nghĩa quyết định đến việc khai báo có chính xác hay không. Doanh nghiệp cần thu thập, kiểm tra và chuẩn bị đầy đủ các chứng từ liên quan nhằm chứng minh tính hợp pháp của lô hàng trước khi thực hiện khai báo với cơ quan hải quan.

Đối với hàng hóa xuất khẩu, bộ hồ sơ cơ bản thường bao gồm: hợp đồng ngoại thương (Sales Contract), hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), phiếu đóng gói hàng hóa (Packing List), giấy phép xuất khẩu (nếu hàng thuộc diện quản lý), giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) khi cần hưởng ưu đãi thuế quan và các chứng từ khác theo quy định của từng mặt hàng.

Đối với hàng hóa nhập khẩu, ngoài các chứng từ nêu trên, doanh nghiệp còn phải chuẩn bị thêm vận đơn (Bill of Lading hoặc Airway Bill), thông báo hàng đến (Arrival Notice), giấy chứng nhận kiểm dịch, kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm hoặc các giấy phép chuyên ngành nếu hàng hóa thuộc diện quản lý của các bộ, ngành. Việc chuẩn bị đầy đủ và chính xác hồ sơ không chỉ giúp quá trình khai báo diễn ra thuận lợi mà còn hạn chế nguy cơ bị xử phạt hoặc kéo dài thời gian thông quan.

1.2. Khai báo hải quan điện tử và kiểm tra hồ sơ

Sau khi hoàn thiện hồ sơ, doanh nghiệp tiến hành khai báo thông tin lô hàng trên phần mềm khai hải quan điện tử được kết nối với hệ thống VNACCS/VCIS. Toàn bộ dữ liệu về người xuất khẩu, người nhập khẩu, mã HS, trị giá hải quan, thuế suất, xuất xứ hàng hóa và các thông tin liên quan sẽ được truyền trực tiếp đến cơ quan hải quan.

Khi tiếp nhận dữ liệu, hệ thống sẽ tự động phân luồng tờ khai dựa trên mức độ tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp, đặc điểm mặt hàng và tiêu chí quản lý rủi ro. Có ba kết quả phân luồng như sau:

• Luồng Xanh: Lô hàng được miễn kiểm tra hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Nếu doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì hàng hóa sẽ được thông quan ngay.
• Luồng Vàng: Cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ điện tử hoặc hồ sơ giấy nhằm đối chiếu tính chính xác của các chứng từ, mã HS, trị giá tính thuế và các thông tin liên quan trước khi quyết định thông quan.
• Luồng Đỏ: Ngoài việc kiểm tra hồ sơ, cơ quan hải quan còn tiến hành kiểm tra thực tế hàng hóa. Việc kiểm tra có thể được thực hiện bằng máy soi container hoặc mở container để kiểm tra thủ công nhằm xác định số lượng, chủng loại, chất lượng và sự phù hợp với nội dung khai báo.

Việc phân luồng theo phương pháp quản lý rủi ro giúp tập trung nguồn lực kiểm tra vào các lô hàng có nguy cơ vi phạm cao, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp tuân thủ tốt pháp luật.

1.3. Nộp thuế và thông quan hàng hóa

Sau khi tờ khai được chấp nhận và hoàn tất các bước kiểm tra (nếu có), doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ tài chính theo quy định của pháp luật. Các khoản phải nộp có thể bao gồm thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu (nếu có), thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường cùng các khoản phí, lệ phí khác.

Hiện nay, việc nộp thuế được thực hiện chủ yếu thông qua Cổng thanh toán điện tử Hải quan 24/7, kết nối trực tiếp giữa doanh nghiệp, ngân hàng thương mại và cơ quan hải quan. Sau khi hệ thống xác nhận doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính, tờ khai sẽ được cấp trạng thái thông quan hoặc giải phóng hàng.

Cuối cùng, doanh nghiệp in mã vạch tờ khai hoặc sử dụng mã điện tử để làm thủ tục tại khu vực giám sát hải quan, nhận hàng tại cảng, sân bay hoặc cửa khẩu và vận chuyển về kho bảo quản hoặc địa điểm kinh doanh. Khi kết thúc bước này, quy trình thủ tục hải quan đối với lô hàng được hoàn thành, hàng hóa đủ điều kiện lưu thông hợp pháp trên thị trường hoặc tiếp tục được đưa vào quá trình sản xuất, kinh doanh.

2. Những lưu ý trọng yếu đối với doanh nghiệp

Trong bối cảnh hoạt động xuất nhập khẩu ngày càng được quản lý bằng công nghệ số và cơ chế quản lý rủi ro, doanh nghiệp không chỉ cần thực hiện đúng quy trình thủ tục hải quan mà còn phải thường xuyên cập nhật các quy định pháp luật mới. Việc không nắm bắt kịp thời các thay đổi về chính sách có thể làm phát sinh chi phí, kéo dài thời gian thông quan hoặc dẫn đến các vi phạm hành chính. Dưới đây là những nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý.

2.1. Cập nhật quy định mới về địa điểm làm thủ tục hải quan

Từ năm 2026, doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm đến những thay đổi về địa điểm làm thủ tục hải quan theo quy định mới của Chính phủ. Theo đó, một số nhóm hàng hóa thuộc diện quản lý bắt buộc phải thực hiện thủ tục thông quan ngay tại cửa khẩu nhập đầu tiên, thay vì được phép chuyển về cảng cạn (ICD), kho ngoại quan hoặc địa điểm làm thủ tục hải quan khác như trước đây.

Quy định này làm thay đổi đáng kể kế hoạch tổ chức vận chuyển và phân phối hàng hóa của doanh nghiệp. Vì vậy, ngay từ giai đoạn ký kết hợp đồng ngoại thương và lựa chọn phương thức vận tải, doanh nghiệp cần xác định chính xác mã HS, tính chất hàng hóa cũng như địa điểm mở tờ khai phù hợp. Nếu lựa chọn sai địa điểm làm thủ tục, doanh nghiệp có thể phải điều chỉnh tờ khai, phát sinh chi phí lưu container, lưu bãi, lưu kho và kéo dài thời gian giao hàng cho khách hàng.

Do đó, việc phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận mua hàng, logistics, khai báo hải quan và đơn vị vận chuyển là yếu tố quan trọng nhằm hạn chế rủi ro và bảo đảm hàng hóa được thông quan đúng quy định.

2.2. Khai báo chính xác mã HS và tuân thủ công tác hậu kiểm

Một trong những nội dung được cơ quan hải quan kiểm tra chặt chẽ hiện nay là mã số hàng hóa (HS Code). Đây là căn cứ để xác định mức thuế phải nộp, chính sách quản lý hàng hóa, điều kiện nhập khẩu cũng như các quy định về kiểm tra chuyên ngành.

Trong thời gian gần đây, cơ quan hải quan tăng cường hoạt động hậu kiểm, tức là kiểm tra sau khi hàng hóa đã được thông quan và đưa về doanh nghiệp. Nội dung hậu kiểm tập trung vào việc đối chiếu hồ sơ, chứng từ kế toán, hợp đồng ngoại thương, hóa đơn thương mại và đặc biệt là việc áp dụng mã HS.

Nếu doanh nghiệp khai sai mã HS, dù do nhầm lẫn hay cố ý, đều có thể bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính, tính tiền chậm nộp và trong một số trường hợp còn bị xử lý theo quy định của pháp luật. Ngoài thiệt hại về tài chính, doanh nghiệp còn bị ảnh hưởng đến mức độ tuân thủ trên hệ thống quản lý rủi ro của cơ quan hải quan, dẫn đến khả năng cao các lô hàng sau sẽ bị phân vào luồng Vàng hoặc Luồng Đỏ, làm tăng thời gian và chi phí thông quan.

Vì vậy, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình rà soát mã HS, thường xuyên cập nhật các văn bản hướng dẫn phân loại hàng hóa và tham khảo ý kiến chuyên gia hoặc cơ quan hải quan khi gặp những mặt hàng có tính chất phức tạp.

2.3. Chú trọng hồ sơ đối với hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ

Một nội dung khác doanh nghiệp cần lưu ý là việc tăng cường quản lý đối với hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ, đặc biệt trong các giao dịch có sự tham gia của thương nhân nước ngoài nhưng không hiện diện tại Việt Nam.

Để được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế, nhất là thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) 0% đối với hàng hóa xuất khẩu, doanh nghiệp phải chứng minh đầy đủ tính hợp pháp và thống nhất của toàn bộ hồ sơ giao dịch. Hồ sơ cần bảo đảm sự đồng bộ giữa hợp đồng ngoại thương, điều khoản giao hàng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tờ khai hải quan của cả bên xuất khẩu và bên nhập khẩu tại chỗ.

Bất kỳ sự không thống nhất nào giữa các chứng từ, chẳng hạn như thông tin về đối tác, giá trị thanh toán, điều kiện giao hàng hoặc thời điểm thực hiện giao dịch, đều có thể khiến doanh nghiệp không đủ điều kiện áp dụng ưu đãi thuế hoặc bị cơ quan thuế và hải quan yêu cầu giải trình. Vì vậy, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình kiểm soát hồ sơ chặt chẽ, lưu trữ đầy đủ chứng từ và phối hợp thường xuyên với các đối tác cũng như đơn vị dịch vụ hải quan để bảo đảm hồ sơ luôn chính xác, đầy đủ và đáp ứng yêu cầu của cơ quan quản lý nhà nước.

3. Kết luận và kiến nghị

3.1. Kết luận

Trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sâu rộng, thủ tục hải quan đóng vai trò quan trọng trong việc tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu, đồng thời bảo đảm công tác quản lý nhà nước đối với hàng hóa qua biên giới. Những cải cách trong lĩnh vực hải quan, đặc biệt là việc ứng dụng hệ thống hải quan điện tử, quản lý rủi ro và số hóa quy trình xử lý hồ sơ đã góp phần rút ngắn thời gian thông quan, giảm chi phí cho doanh nghiệp và nâng cao hiệu quả quản lý.

Tuy nhiên, cùng với việc đơn giản hóa thủ tục hành chính, cơ quan hải quan cũng tăng cường kiểm soát thông qua các hoạt động kiểm tra trước và sau thông quan, quản lý chặt chẽ việc khai báo mã HS, trị giá hải quan, xuất xứ hàng hóa cũng như việc thực hiện các chính sách quản lý chuyên ngành. Điều này đòi hỏi doanh nghiệp không chỉ nắm vững quy trình thủ tục mà còn phải thường xuyên cập nhật các quy định pháp luật mới, nâng cao năng lực quản trị và xây dựng hệ thống kiểm soát nội bộ hiệu quả nhằm hạn chế các rủi ro pháp lý phát sinh trong quá trình xuất nhập khẩu.

Có thể thấy, việc tuân thủ đúng các quy định về hải quan không chỉ giúp doanh nghiệp giảm thiểu chi phí và thời gian thông quan mà còn góp phần nâng cao uy tín, tạo điều kiện thuận lợi trong hoạt động thương mại quốc tế và tăng năng lực cạnh tranh trên thị trường.

3.2. Kiến nghị

Để nâng cao hiệu quả thực hiện thủ tục hải quan và hạn chế các rủi ro trong hoạt động xuất nhập khẩu, doanh nghiệp cần thực hiện một số giải pháp sau:

Thứ nhất, doanh nghiệp cần chủ động cập nhật thường xuyên các quy định pháp luật mới về hải quan, thuế, chính sách quản lý hàng hóa và các văn bản hướng dẫn của cơ quan nhà nước. Việc theo dõi kịp thời những thay đổi của pháp luật sẽ giúp doanh nghiệp xây dựng kế hoạch xuất nhập khẩu phù hợp và tránh những sai sót trong quá trình thực hiện thủ tục.

Thứ hai, cần chuẩn bị đầy đủ và chính xác bộ hồ sơ hải quan ngay từ khi ký kết hợp đồng ngoại thương. Các thông tin về mã HS, trị giá hải quan, điều kiện giao hàng (Incoterms), xuất xứ hàng hóa và các chứng từ liên quan phải được kiểm tra kỹ lưỡng trước khi khai báo nhằm giảm nguy cơ bị phân luồng kiểm tra hoặc xử phạt.

Thứ ba, đối với những mặt hàng thuộc diện quản lý chuyên ngành, doanh nghiệp nên thực hiện việc đăng ký kiểm tra chuyên ngành, xin giấy phép hoặc các chứng nhận cần thiết ngay khi có đầy đủ hồ sơ dự kiến. Việc chuẩn bị sớm sẽ giúp rút ngắn thời gian chờ đợi tại cửa khẩu và hạn chế phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi.

Thứ tư, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình quản lý và lưu trữ hồ sơ khoa học bằng cả hình thức giấy và dữ liệu điện tử. Hồ sơ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu, bao gồm tờ khai hải quan, hợp đồng, hóa đơn, vận đơn, chứng từ thanh toán và các giấy tờ liên quan, nên được lưu giữ theo đúng thời hạn quy định của pháp luật để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan và thanh tra khi cần thiết.

Cuối cùng, doanh nghiệp nên tăng cường đào tạo đội ngũ nhân sự phụ trách xuất nhập khẩu, logistics và khai báo hải quan nhằm nâng cao trình độ chuyên môn, kỹ năng sử dụng hệ thống hải quan điện tử cũng như khả năng xử lý các tình huống phát sinh trong thực tế. Đồng thời, việc phối hợp chặt chẽ với các đơn vị giao nhận, đại lý hải quan và cơ quan quản lý sẽ góp phần nâng cao hiệu quả thông quan, giảm thiểu rủi ro và tạo nền tảng cho hoạt động xuất nhập khẩu phát triển bền vững trong giai đoạn hội nhập kinh tế quốc tế.